Прошу прощения, что ввёл в Вас в заблуждение. Скорее всего дело не munin, если вы заглянете в /etc/cron.d/munin-node, то в коментариях обнаружите следующее
# If the APT plugin is enabled, update packages databases approx. once
# an hour (12 invokations an hour, 1 in 12 chance that the update will
# happen), but ensure that there will never be more than two hour (7200
# seconds) interval between updates..
approx - очень подходит под вышеописанные симптомы.