Здравствуйте.
Видимо нужно экранировать сами слеши в заменяющей строке.
ua="Mozilla/5.0 (compatible; Konqueror/3.5; NetBSD 3.0; X11) KHTML/3.5.2 (like Gecko)"
sed -r "s/^ua=.*$/ua=$ua/" -i $filename
Содержимое файла, в котором нужно производить замену:
$ cat ~/.config/amr/oneq/settings.conf
[General]
outer_traf=1
qid=184597940
rewrite_png_ava=1
ua=здесь_будет_строка_юзер_агента
write_new_ava=1
write_png_ava=0
Самой переменной $ua (UserAgent) динамически присваивается строка агента, их много, т.е. вручную экранировать нельзя.