Спасибо за этот пост. У меня та же проблема - пропадает window-decorator при перезагрузки компа и вообще, такое ощущение, что Компиз накрылся. Вот что я сделал:
1. gtk-window-decorator --replace
2. compiz --replace
3. sudo apt-get install emerald
Ну и как уже было отмечено выше, вообще отказаться от компиза. Система - Параметры - Внешний вид, нажать вкладку Визуальные эффекты и выбрать Стандарт.
Посмотрим, надолго ли хватит моих манипуляций.