как это сделать? и на какие папки?
ухх
ок
например, на папку .config, в котором находятся конфиги, в частности на прогу nautilus
у мну права на неё 755 и в ней права на какой-то файлик с правами 644
т.е. любой может читать этот файлик
так и должно быть, ведь прогам нужно читать конфигурационные файлы, которые находятся в твоей домашней папке.
попробуй сделать следующее
chmod 755 .config
chmod 755 .config/nautilus
chmod 644 .config/nautilus/*
и проверь работу наутилуса
хотя некоторым прогам и не нужны подобные права
для абсолюной уверенности лучше поставить систему на другой жд и посмотреть как было настроено изначально, на новой системе
а еще лучше - принудительно переустановить все не работающие пакеты