Ошибка синтаксиса. Правильно написать так:
ln -s SrcDirectory TargetDirectory
Обратите внимание на отсутствие косой черты в команде. Если оставить косую черту после SrcDirectory то ничего страшного не случится, но если оставить её после TargetDirectory то действительно в каталоге SrcDirectory появляется ломаная ссылка на самого себя.