У вас около 100 человек и около 30-50 на сайте онлайн одновременно?
Не совсем так. 30-50 уникальных посетителей за сутки на сайте. И максимально - 100 человек одновременно на форуме. Это уже много, в настройках форума - балансировка нагрузки, и при таком количестве посетителей поиск уже отрубается, иногда и "непрочитанные" тоже. Но это бывает редко, чаще посетителей не больше 60-70 в часы прайм-тайм.
А что значит, что слетят настройки ISPmanager, учетки в нем? сайты не пострадают?
Нет, дело не в этом. Если вы будете править конфиги, а после обновления панели она внесёт изменения в файлы конфигурации, то в результате - ваши настройки могут перестать работать. Или наоборот - перестанет работать панель - поэтому производители рекомендуют устанавливать панель на "голую" систему. Пытался я поставить эту панель на уже рабочий сервер, ничего кроме как геморроя я не поимел.