pfumiko, проблема скорее всего корнями ушла именно в то, что система на внешнем жестком диске. Во-первых, пропускная способность порта USB вносит свои ограничения, во-вторых, что немаловажно, - питания может банально быть недостаточно для нормальной работы диска (и да: лампочка на HDD при этом все равно будет мерцать). Для проверки последнего - подключите диск через usb-хаб с внешним адаптером питания 5V. Если тормоза исчезнут - проблема в питании, и решение Вы нашли. Порт USB3.0 попробуйте. Еще могут быть заморочки с железом на конкретной машине, куда Вы подключаете данный диск (ядро плохо дружит с acpi, или требуется какой-нибудь специфичный модуль ядра, не входящий в штатную поставку). Полумерой являются nomodeset, acpi=force и тому подобные
параметры ядра.
В сущности, установленная на диск Ubuntu в подобном сценарии применения - не лучший выбор, именно для обхода подобных моментов и существуют дистрибутивы, адаптированные специально под работу в live-режиме. Например,
knoppix (загрузочная флешка с persistent-режимом - это наилучший вариант, чтобы работать на любом железе и иметь дистрибутив всегда под руками).