Могу лишь дополнить тему
ссылкой. Оттуда:
Если бы утилитам bcdedit.exe и BootICE была *nix альтернатива, весь процесс развертывания системы можно было бы вообще выполнить в среде Linux.
В сущности, инсталлятор выполняет распаковку файлов на диск, после чего выполняет конфигурацию загрузчика. Далее выполняется перезагрузка и дальнейшую установку выполняет уже распакованный на диск набор файлов. Беда в том, что загрузчик Windows зациклен на файлики, что именуются BCD. Поэтому в чистом виде заявленный Вами функционал не реализовать, т.к. нет возможности выполнить ручками из Linux непосредственно модификацию этого самого BCD (нужно явным образом указывать откуда будет грузиться система в этом файле). Все подробности в статье по ссылке.
Как альтернатива может быть применен такой подход (в теории, для систем EFI):
1. На флешке должен иметься в наличии QEMU (qemu qemu-utils ovmf [про последний я до конца не уверен, он позволяет эмулировать UEFI, ИМХО это может быть полезно]) и wimmount, доступные для запуска прямо в живом режиме. Кроме того, туда же неплохо бы заблаговременно подтянуть BootICE.exe или понятный Вам его аналог.
2. Грузимся с флешки. Средствами GParted готовим диск под установку Windows (раздел ESP [FAT32, флаг ESP] + раздел NTFS под диск C:\ [ntfs, флаг msftdata])
3. Монтируем себе в /mnt в Live-режиме ISO-образ Windows. В ISO-образе шуруем в каталог ../sources, ищем там файл install.wim, через wiminfo определяем номер желаемого образа системы из тех, что доступны в этом файле, при помощи wimmount монтируем его себе в произвольную директорию, и выполняем распаковку его содержимого на будущий диск
C.
4. Формируем загрузчик в соответствии с описанным
здесь порядком на разделе ESP (кроме BCD - его у нас на данный момент еще нет в наличии).
5. Выдергиваем файлик C:\Windows\System32\config\BCD-Template, копируем его в отдельное место (можно пока в домашнюю папку живой системы, там создать подкаталог; в этот же каталог засунуть BootICE.exe), и переименовываем в BCD (после все равно придется). Отмонтируем образы install.wim и ISO. Используя QEMU, выполняем загрузку образа ISO на виртуальной машине прямо в живой системе. Попав в установщик, запускаем там CMD, запускаем BootICE.exe, и выполняем набивку BCD нужными данными для загрузки (если знаете команды консоли - можно выполнить конфигурирование прямо из консоли, без применения сторонних утилит через bcdedit.exe; можно даже скрипт забабахать CMD/bat самопальный для таких целей, теоретически). После заполнения файла выгружаем виртуальную машину, и перемонтируем директорию, где хранится файлик, чтобы изменения в нем были опознаны нашей живой Linux системой. Модифицированный файл BCD копируем на ESP раздел (стандартный путь [ESP-раздел]/EFI/microsoft/boot/BCD). Выгружаемся из живой системы. Теоретически, в UEFI должна появиться новая загрузочная запись, загрузившись с которой Вы будто бы продолжите установку после перезагрузки.
На практике могут быть подводные камни. К тому же всю концепцию целиком надо проверять на работоспособность.