Сама ОС - это понятие растяжимое. Какие программы вы к ней относите, а какие нет? В любом случае, линукс - это не Windows, тут программы весят мегабайты, а не гигабайты, и 32 Гб хватит и ОС и программам на всю жизнь. Я это гарантирую. Игры стимовские лежат в домашней папке, что-то такое "негабаритное" типа Android Studio складывается в /opt. Остальное весит мало.
Надо /home и /opt положить на хард, и если очень хочется, то еще /usr. А это именно флешка или SSDшник? Просто если это SSD или крутая флешка, то программы с нее запускались бы быстрее, так что ИМХО лучше /usr не трогать. А реализовать это
вот так. Есть такая вещь в линукс -
монтирование. Это когда запускается драйвер файловой системы и она становится доступна пользователю. Чтобы лучше понять, что написано в первой инструкции:
тык,
тык.