+1 Такая же проблема, может кто сможет помочь:
пробовал клиенты qBittorrent, Vuze, Transmission, все одинаково: не качает около час - полтора (может больше) потом начинает скачивать.
Причем такая проблема на мой взгляд началась не сразу же (Ubuntu 9.04 поставил не давно, около недели назад).