unity, скажите, а вы systray-whitelist правили? Если нет (а выглядит ваша "проблемка" именно так, что не правили), то попробуйте выполнить эту команду
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['all']"
Она разрешает всем приложениям использовать системный трей, а не только тем, которые указаны в systray-whitelist по-умолчанию.