я запутался в общем
Стоп, давайте по порядку, еще раз.
1. Не надо мудрить, я не знаю что такое apache2-mpm-itk, и т.к. у меня все работает, значит мне это не нужно, и знать пока не хочу.
2. После установки LAMP владельцем папки /var/www по умолчанию является root. И привыкните пожалуйста к мысли, что в линухе права устанавливаются как правило, именно так, как нужно. Движения со стороны пользователей по изменению прав нужны в исключительных случаях, и на определенном этапе. Как показывает практика, права начинают менять или новички, которым все интересно и которые в результате гробят систему, или опытные юзеры, которые отдают себе отчет, что они делают.
3. Если вы собираетесь держать свои хосты в директории /var/www, то это как раз тот случай, когда необходимо изменить права доступа по умолчанию:
chown -R username:username /var/www
Всё! Не надо больше ничего мудрить, вы владелец DocumentRoot, если у вас какая-то CMS, то на отдельные каталоги нужно дать 777. Апач всё прочитает, и все будет прекрасно работать.
4. Если вы решите хранить виртуальные хосты в /home/username, то тем более ничего с правами делать не надо. Прописываете директивы для виртуальных хостов и всё.
Хоум юзер, как вы пишете, имеет доступ только к своему домашнему каталогу! Для доступа ко всей системе нужны права root, но это совсем другая история.