Стандарты никогда не гарантировали защиты, качества и всего прочего, что там хочет потребитель. Их назначение весьма далеко от этих понятий и лежит в плоскости унификации, т.е. в сфере производства, а не потребления, к которому и относятся все наши проблемы. Единственный плюс в возможности особо не беспокоиться о наличии той или иной софтины из "стандартного набора" на любом общедоступном компьютере. На этом положительные черты заканчиваются.
TrueCrypt и скрытый том на зашифрованном разделе. Возможно сей факт и можно пропустить при исследовании винчестера, что несколько сомнительно, но возможное разрушение его структуры (скрытого тома) приведёт к необходимости держать бэкап в пределах досягаемости. Какие меры по его защите? Вопрос риторический, т.к. сам факт наличия легкодоступного бэкапа уже есть нарушение режима безопасности. Ende_neu прав, задача не для одной программы и даже не для одного компьютера, а комплексная, включая и такое понятие, как человеческий фактор. Правда это всё очень большая тема и к изначальному вопросу отношения не имеет. Скорее наоборот - вопрос есть частный случай проблемы.