То, что веб-сервер выдаёт ошибку 404 не является ошибкой работы сервера. То, что wget сообщает об этом, также не является проблемой. То, что "на обоих доменах (домен и поддомен) есть файл по этому пути" ни о чём не говорит.
Что работает не так и как надо? Почему запрос делается без использования доменного имени (где доступ к файлу есть)?