GRbit, в gentoo их тоже не руками ставят...
Происходит примерно следующее (если описывать процесс весьма примитивно, неточно и грубо):
1) Пакетный менеджер создаёт список установленных пакетов (на то, что установлено без его участия ему наплевать, если будет мешать, то и снести может, а если нет, то и оставит)
2) Пакетный менеджер подключается к репам
3) Пакетный менеджер спрашивает репы на наличие этих пакетов в репах
4) Пакетный менеджер устанавливает новые версии пакетов, найденных в репах, попутно снося конфликтующие, а конфликтовать они могут, например, из-за одной общей библиотеки
5) Пакетный менеджер спрашивает на что менять те пакеты, которых больше нет в новых репах
6) В зависимости от того, что написано в deb пакетов часть старых пакетов может и сохраниться
Можно ли провести эти операции в ручную? Можно. 7000 лет свободного времени Вам помогут (посмотрите сколько пакетов у вас установлено). Но проще LFS.
Некоторую информацию можно получить, прочитав
man apt-get
И информацию о каждом пакете в Ubuntu: какие скрипты выполняются при его установке и т.д.
Мне кажется, что у Вас сложился крайне неправильный подход к Ubuntu и Вы пытаетесь слепить из неё даже не подобие Gentoo, а что-то ещё более красноглазое.