Небольшое уточнение:
Очистить пакеты - удалить пакеты, установленные в качестве зависимостей, в которых нужда отпала (аналог в консоли:sudo apt-get autoremove
)
Очистить кэш - так и понимать - очистить кэш скачанных для установки пакетов (где находятся - уже писали). При наличии приличного (желательно анлим) канала интернет вполне можно сносить (я, к примеру, всегда их ручками сносил). Другой вариант - сохранить в виде локального репозитория (для машин без инета либо для локальной сети). По идее, после установки они не нужны.
Чистить настройки - это не сброс к "заводским настройкам", а удаление из домашнего каталога конфигурационных файлов удаленного софта. Если хочешь оставить настройки для возможной будущей установки той же софтины (ну снес, а потом передумал и снова поставил). Я их тожу вручную периодически чищу. Если хочешь сбросить личные настройки какой-то установленной программы к "заводским", то нужно удалить вручную ее конфиги из домашнего каталога. (Твикер конфиги установленных программ не трогает - только удаленных).
Чистка ядра - удаление старых ядер - останется самое свежее из установленных. Чистить следует только после того, как убедишься, что свежее ядро без проблем работет, все железо пашет. Если так, то смысла держать в системе старые ядра нет (если не в курсе, есть несколько ядер - грузится можно с любым из них.)
В принципе, если система работает, то чистка этими методами вреда не принесет.
Ранее я сам все эти мероприятия по очистке делал ручками, теперь тоже стоит твикер и эта вкладка - самая используемая (особенно после приступа экспериментаторской деятельности), проблем ни разу не было