А что мешает в нетбинсе писать код, а деплоить руками? Или использовать maven-tomcat-plugin он может деплоить не только на локальный, но и на удалённый сервер (эта опция на случай если сборку делаешь maven'ом)?
З.Ы. Не работал с Netbeans. Eclipse вполне сносно деплоит проекты в Jboss. А деплойментв tomcat я делаю через maven.