когда устанавливал Ubuntu, я физически отключил диск с Windows, и оставил включенным второй жесткий
На будущее, никогда больше так не делай. Что-бы случайно не попортить винду при установке в параллель linux запускаем gparted, в нём проходим все подключенные харды, смотрим как они называются, у нас в твоём случае были-бы два винта и флешка, смотрим на диск, на который желаем установить linux, размечаем разделы как нам нужно, запоминаем как называется корневой/, в который будем ставить. При этом совсем не за чем лезть в винде в diskpart, в linux названия дисков-разделов совсем другие, нам они нужны и ставить мы будем именно в тот, который определился именно в живой системе.
Для установки в параллель диск с виндой должен быть обязательно подключен, установщик при установке граба увидит виндовый загрузчик и пропишет его к себе. Будем видеть при запуске меню граба и выбирать нужную ОС для загрузки. В противном случае вход возможен будет только через Биос по горячей клавише его (Биоса) бут меню. При правильной установке в параллель у нас хозяином загрузок всегда является linux, его grub загрузчик. Так проще всего, чем использовать вариант правки виндового загрузчика в самой винде присоединяя в него загрузчик linux и где выбор будет производится в окне загрузчика винды. Ни картинку не поменять, ни шрифт.