У меня были проблемы, пока скрипт был назван iptables.rules.
Случайно, в совсем другом мане глаз зацепился за перечисление допустимых символов для имени скрипта (если не ошибаюсь, это относится к run-parts). Как только поменял точку на тире, всё забегало и до сих пор бегает без сбоев.
Для скриптов, исполняемых через run-parts, строго НЕ рекомендуется давать имена, не отражающие цели исполнения скрипта. Иначе замучаешься помнит, что зачем надо.