Насчет wine@etersoft - у них разные пакеты есть, не каждый может работать в режиме терминального сервера - при покупке нужно на это дополнительно внимание обратить. В комплекте идет очень толковый мануал, где буквально разжевано как что запускать для каждой популярной программы (1С 7, 8 там есть).
Насчет всего остального - можно по разному настраивать, я, например, просто цеплял пользователей по ssh к серверу, с которого работала 1С и уже в ssh сессии запускал 1С. По скорости - не скажу что сильно быстро, но во-первых сама база работает намного быстрее (если сравнивать с dbf-версией через smb), а во вторых, тормозить при таком режиме может только отрисовка графики. В общем даже через интернет соединение с внешних хостов можно было вполне комфортно работать...
Но на самом деле, 1С через wine все таки костыль и возникнет множество неочевидных сразу проблем (кодировки, общие папки, и т.д.). Как вариант можно использовать терминальный сервер на винде, а цепляться к нему по RDP из Ubuntu. При такой схеме 1С живет в своей родной среде и многие проблемы решаются сами собой...
Разница по затратам в пользу wine, но (по крайней мере на тот момент, когда мы покупали) она не очень большая...
Подводя итог, хочу сказать, что оба варианта вполне работоспособны и применять какой-то один из них нужно исходя из всей структуры в целом.