Вайн один на всю систему, но каждому юзеру нужно ставить виндовые проги заново...
И никак ты это не исправишь (разве вайн перекомпилишь)...
Максимум, после установки проги каждому юзеру в отдельности, ты можешь заменить текущие, отдельные, вайновые диски каждого юзера на симлинки с общих...
Вайн исполняет проги в пространстве пользователя, это хорошо и правильно, но он довел эту идею до абсурда (до не возможности запустить, даже из под рута, вайн прогу другого юзера (и невозможности обеспечить нормальное совместное использование вайн прог)...
В общем, если у тебя платные проги имеющие ограничение на количество машин на которые их разрешено установить, то, походу, для каждого юзера придется покупать свои проги... Либо выделить некого специального юзера для работы с вайновыми прогами...