adawdp, очень странно! Осмелюсь предположить, что у Вас для "Открыть с помощью" используется другой .desktop. Дело в том, что чтобы программа появилась в меню открыть с помощью, то для этого нужно чтобы в Exec стояло %f, без этого оно в этом меню не появится. Очень часто wine создает в папке applications еще и файл wine-extension-*формат файла*, в которой прописывает свои скрипты для запуска в "Открыть с помощью". Не могли бы Вы это проверить, пожалуйста?
А то у меня, получается, если %f удалить, то не будет показываться в "Открыть с помощью", будет только главном меню. А если оставить %f, то будет и там и там, но при открытии файла такой командой сам файл в Word не передается. Т.е. просто запускается Word и все.