sudo software-properties-gtk
Там вьіключаем все обновления, потверждаем паролем, когда попросит.
Затем идем в /etc/xdg/autostart с правами sudo, например:
sudo nautilus /etc/xdg/autostart
Ищем и удаляем там файл, которьій запускает менеджер обновлений (не помню точно, как зовется)
Фсьо! 12 лет так делаю. Обновляюсь конечно, но вручную через терминал.