Zabqer,
Я бы посоветовал освободить диск большего объема и просто по нормальному установить систему с нуля на один диск. Меньше проблем получите. Зачем Вам два? В крайнем случае, можно корневой раздел и подкачку разместить на одном диске, а домашний раздел на другом диске, но Вам всё равно его форматировать нужно, т.к там NTFS.