У меня в Записи звука стоит ALSA. Ради эксперимента поставил ALSA на воспроизведение (вместо автоопределения) тоже. Все нормально. Да, и как ты на паузу ставишь? Кнопки паузы Totem и Amarok влияния друг на друга не оказывали, а пауза на мультимедийной панели управляла только Totem-ом. Если подобная ситуация возникает именно при использовании мультимедийной панели, то могу предположить, что у тебя она оказалась задействована шире чем у меня. На моем ноуте мют и громкость управляют убунтовским ползунком громкости, а не плеера, а все остальное действует только на что-то одно. А вот как это лечить, надо еще думать, не могу сходу сказать, где лежат нужные дрова...