Если работает DE и DM, то необходимости закрывать вручную большинство приложений нет. При выключении из DE им будет послан сигнал SIGTERM (корректное завершение работы). Если нет никаких несохраненных данных, они закроются автоматически. Исключения есть, но их мало, например, firefox, который до сих пор не научился по SIGTERM корректно завершаться.