А какая разница как подключен диск? Что IDE, что Sata системе без разницы.
Вот если бы в fstab диски были прописаны как hda, hdb и так далее. Тогда пришлось бы менять на sda, sdb ... .
А поскольку диски теперь по UUID подключаются, думаю проблем не должно быть.