ИМХО есть два пути:
1 - Написать скрипт и подцепить его к системе инициализации системы (стандартные скрипты лежат в /etc/init.d а линки на них раскиданы по /etc/rc0.d - /etc/rc6 в зависимости от runlevel)
2 - включить команду вызова в /etc/bash.bashrc
Если в первом случае надо внимательно отследить - куда в поцессе инициализации засунуть скрипт что бы он запустился уже в необходимомм окружении (я так пологаю иксы должны уже стартовать), то во втором случае прграмма запустится не в момент инициализации систему, но перед логином пользователя.
Кроме того во всех десктоп менеджерах (GNOME, KDE, XFCE ...) есть в настройках автозапуск - это возможно самый полный аналог виндовому автозапуску.
Так что в Linux есть все что есть в Windowsх и много больше - нужно только уметь искать