нужно снести/переустановить кутим, и отключить сворачивание в трей и не пользоваться им, это баг unity (или gnome, не помню точно)
в общем не пользуйтесь сворачиванием в трей на ubuntu, сворачивайте на панель unity или что там у вас стоит. с кедами все норм.
вообще у кутима есть свой форум и комната в жаббере, там всегда можно быстро получить адекватный ответ по существующим багам.