Применительно к задачам, поставленным топикстартером, не вижу необходимости в портабле_софте.
Есть такая кроссплатформенная софтина notecase - как раз для создания справочников, заметок и шпаргалок с древовидной структурой, возможостями оформления и пр.
Его можно:
а) поставить на свое машине
б) таскать с собой его файлы и просматривать на других машинах браузером - это xml-файл
в) под оффтопик (машины с ним тоже приходится ковырять на вызовах) существует версия, устанавливаемая на флешку
Позволяет закрыть файл на пароль - что позволяет избежать утечки инфы, но зато не даст использовать сторонний софт для просмотра.
А вообще, таскать с собой на флешке конфиденциальные данные в голом хтмл я бы поостерегся.
Флешки и теряются, и случайно забываются, и давно уже есть софтинки, втихаря сливающие "на всякий случай" содержимое вставленных флешек...