Было у меня кое-что, что, вероятно, схоже с вашей проблемой. Короче, подлючены были два монитора и на втором стал появляться рандомный мусор или, после ребута из маздая, порубленный в капусту рабочий стол windows 7. Решалось обновлением настройки второго моника (свойства - сделать повернутым/отраженным/etc., вернуть обратно). Для автоматизации оного процесса был написан bash-скриптик. Сейчас поискал и таки нашел его.
#!/bin/bash
xrandr --output CRT2 --mode 1280x1024
Это принудительно выставляет монитору CRT2 режим 1280x1024. Я совсем не уверен, но вдруг поможет?..