У меня было что-то похожее после обновления до oneiric. После выхода/входа в систему некоторые скринлеты частенько и совершенно невоспроизводимо "улетали" в левый верхний угол. Первопричины этого глюка мне неизвестны, а проявление таково, что почему-то скринлет "затирает" свои конфигурационные файлы и сбрасывает некоторые настройки в умолчательные. В частности, координаты скринлета на экране становятся x=0, y=0.
Победить это удалось лишь одним способом. А именно, добавив атрибут immutable к файлам конфигурации скринлетов:
chattr +i <file_name>
После этого скринлет не может глючно изменить содержимое конфигурационных файлов.
По крайней мере, в моей ситуации это помогло.