за перенаправление трафика в кальмар отвечает эта строка
iptables -t nat -A PREROUTING -i eth1 -p tcp -m multiport --dport 80,8080 -j REDIRECT --to-port 3128
когда она есть - все идет через него, когда ее нет все - идет обычным натом, тебе же остается копать настройки кальмара, что у тебя там прописано или чего не прописано, раз он не пропускает трафик или не весь пропускает. смотреть логи кальмара что там пишет, когда не пропускает