Была только папка VirtualBox VMs а в ней файлы с расширением .vbox
А это всё где?
Давно не занимался вируализацией, но, насколько помню, если удалось запустить в виртуальной машине гостевую ОС (в данном случае - Ubuntu), то внутри гостевой ОС будет её полная структура. Соответственно, заходим в файловый менеджер (Naunilus - если это стандартная Ubuntu с GNOME), в боковой панели заходим в "Корневую папку" (или "Система", или "Компьютер" - уже не помню, у меня не GNOME) - а там уже ищем нужные папки. Штука, правда, в том, что поменять так ничего не получится, поскольку у пользователя нет прав на изменения в системных каталогах. Не знаю как в виртуальной Ubuntu, а в нормально установленной это решается запуском в Терминале файлового менеджера с правами Суперпользователя:
sudo nautilus
Но тогда следует понимать, что одно неосторожное движение может порушить всю систему, а потому, после всех изменений, не забываем закрывать подобное окно файлового менеджера, и Терминал заодно.