Восстановить загрузчик винды? Зачем? Груб же слетит.
Не, он не должен слететь! Как писали выше, идея такая - Windows на одном диске со своим загрузчиком, Груб на другом с Убунтой. Диск с Убунтой физически отсоединить, затем с Виндового загрузочного диска восстановить загрузчик Винды, потом опять подключить диск с Убунтой и Грубом и сделать груб-апдейт или вообще переставить Груб. Тогда будет и Виндовый загрузчик и Груб, причем Груб, если не ошибаюсь, должен нормально распознать виндовый загрузчик с другого диска и включить его в свой список.
P.S.: соответственно, если в BIOS/UEFI загрузочным выбрать диск с Виндой, то сразу будет грузиться Windows и только Windows, Если выбрать диск с Убунтой, то будет появляться меню Груб с выбором ОС.