Извиняюсь что сразу не написал чем все закончилось.
Проблема оказалась в программерах ПО конфиг которого пытались прописать. Или в тех поддержке ПО продукта, даже не знаю кто у них там хуже.
ТП выдали путь+имя файла конфига, сказали, что в него надо прописывать настройки.
Мол от туда они читаются при старте.
А разрабы им не передали инфу, что да, настройки читаются от туда. Но зачем-то файл конфига есть еще один и он при старте перезаписывается поверх первого указанного нам файла, а потом уже да из него читаются настройки.
Слов нет какая тупая ситуация получилась.
Т.е. проблемы сохранения изменений в самом этом файле конфига не было никакой. Проблема в головах у поставщиков ПО.