некорректно сравнивать флешки и usb-hdd.
Никто не собирается сравнивать флешку и хдд.
Если копирование на usb-hdd будет медленным, как на флешку, то возможные виновники контроллер и драйвер.
Если копирование на usb-hdd будет быстрым, то контроллер и драйвер не виноваты.
И так-же снимется вопрос совместимости операционной системы с контроллером.
Там, где кеш больше, копируется быстрее.
До тех пор, пока размер файла меньше размера кеша. А вот дальше... все не так очевидно.
когда причина возможна в системе...
Точнее в комбинации системы с некоторым оборудованием.