Есть папка, содержащая структуру каталогов, нужно зачищать все файлы в этой иерархии, за исключением некоторых папок. Эти исключения, наверное, должны храниться в каком-либо файле, который наполняется администратором. При зачистке всех файлов скрипт должен читать файл исключений и обходить эти папки при зачистке.
Как-то так.