Лучше всего конечно на си. В линуксе под него проблем вообще не должно быть и библиотек под что хочешь огромное множетсво.
Питон тоже хорошо, потому что есть биндинги тоже под все. На убунтологи на своем блоге говорят, что это их любимый язык разработки.
Можно еще хоть моно, хоть джава, хоть что. Главное, чтоб были библиотеки.
Есть еще такая тонкость как, под что ты хочешь написать - под Гном, по Кеды, консольное, графическое, будешь ли работать со звуком напрямую через алсу и ее либы, либо через gstreamer или xine, либо через OSS лии чтото еще. Звуковызх платформ ведь тоже множество..
Заморочек масса . Это было мое имхо.