Обновлялка в 16.04, я так понимаю, живет своей жизнью. В кубунте до недавнего времени вообще падала на ровном месте. В убунте у знакомого терминал показывает одно количество обнов, Ubuntu совтваре другое, а если силком надавить на поиск обновлений, то система сообщает что их нет вообще. Так что, просто не парьтесь, обновляйте через синаптик и забейте на прочее.