У меня такое, только если "извлекаю оборудование" (флешку) без предварительного отмонтирования.
Или "ПКМ на иконке флешки на раб. столе > Изьять оборудование безопасно", или команда eject -T (ето работает только у меня, т. к. у меня нетбук, а на нем CD-ROM нету).
Вероятность того, что файловая система покаверкается, где-то 98,53 %.
А если уж и случилась беда. То форматирую. Можно конечно и fschk`ом пройтись.