Хоть-бы систему назвал.
качаю на раздел NTFS
У тебя наверное веские основания, качать на НТФС. "Windows выключена"?
qbittorrent стоит в автозагрузке.
Что, где, как? Проверь вариант, вдруг торрент запускается раньше, чем появляется доступ к НТФС.
Как монтируется НТФС. Может не в тот каталог, что в настройках торрента. Может права доступа.
После перезагрузки системы
Может нарушены права в настройках торрент-клиента.
который форматировал давно из-под винды
Если винды нет, то НТФС очень плохая идея.