Безопасное - не юзать:
1. пароль рута вписанным с пхп-скрипт;
2. вызов системы под рутом.
"Быстрое" - "в морг"!
Ну да каждый ижет себе приключения на...
Решение правильное (если это проф проект конечно) - юзать спец. написанные скрипты или даже С/С++ утилиты, берущие данные (или манипулирующие ими) НЕ ПОД РУТОМ! хоть заведя ограниченную учётку для таких процессовЮ, хоть еще как-то - но чтобы 1 и 2 не имело места...
Всё зависит от конкретики - не зная полной, настоящей цели проекта и этого его фрагмента, ничего кроме общего решения, в части условий безопасности, подсказать невозможно.