UbuntuUser123, тогда не знаю. Похоже на какой-то баг видеодрайверов, или иксов, или wayland, что там по умолчанию в качестве графического сервера работает с Gnome в 16.04. Ну и в качестве гипотезы выдвину предположение что прозрачность аппаратная почему-то не работает, а вместо неё подрубается программная с пробивом до рабочего стола. Из консоли приложение запустите и приведите ошибки и прочий вывод, если есть.
Вывод команд
cat /var/log/Xorg.0.log
glxinfo
также может помочь.