Такая же проблема на 16.10, не мог поставить переключение раскладки на Ctrl+Shift или CapsLock,
после долгих нубо-поисков нашел таки решение
для Ctrl+Shift :
gsettings set org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-input-source "['<Ctrl>Shift_L', '<Ctrl>>Shift_R', '<Shift>Control_L', '<Shift>Control_R']"
для CapsLock :
gsettings set org.gnome.desktop.input-sources xkb-options "['caps:none']"
gsettings set org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-input-source "['VoidSymbol']"