Вот, как было с XP.
На одном диске установлена Windows XP. Его отключаете, на второй диск устанавливаете Ubuntu. Когда всё нормально установится, подключаете второй диск и выполняете команду:
sudo update-grub
и Windows XP появляется в меню. А если этого не происходит, начинаете разбираться, что к чему.
В любом случае, по отдельности диски будут работать.