Вероятнее всего, у автора топика проблема не в Скайпе, а настройках микрофона. У себя обнаружил такую хрень: Когда микрофон включен в переднюю панель, он тестируется, звук кажется идет, но собеседник не слышит. Все решается командой в терминале alsamixer и там подключаешь все что нужно: и микрофон, и если надо линейный вход... В общем, как я понял, Скайп работает через Алсу, и микрофоны в настройках по умолчанию просто отключены.