Можно перезагружать с помощью dbus (если установлен), тогда права не нужны:
/usr/bin/dbus-send --system --print-reply --dest="org.freedesktop.ConsoleKit" /org/freedesktop/ConsoleKit/Manager org.freedesktop.ConsoleKit.Manager.Restart
Но я согласен с предыдущим комментатором - при правильно настроенной системе перезагрузка не нужна.