Система никаких ошибок не выдаёт, после обновления системы вместо установленой мною Unity, запускается Unity2D, после повторной установки видеодрайвера система запускается в Unity.
Пользователь решил продолжить мысль 29 Июня 2012, 16:48:23:
О чудо, сегодня после обновления Ubuntu ядра до 3.0.0-22 драйвер остался на месте и после перезагрузки Unity работает отлично.
А раньше где-то с версии Ubuntu ядра 3.0.0-15 постоянно переустанавливал видеодрайвер.