1. В принципе, 28Gb под Ubuntu это нормально даже с "Домашней папкой" (/home), если не собираетесь в этом каталоге хранить рабочие файлы (тогда там останутся только системные, например, настройки ОС и программ, и префиксы Wine). Только тогда не нужно выделять отдельный раздел для /home.
2. "Плохо" - слишком сильный термин, но если есть возможность настройки программ и ОС отправить на SSD, то лучше так и сделать. В остальном смотри п.1. Если не жалко, то можно под всё и 40Gb - если будете ставить много программ в Ubuntu и ещё что-то виндовое в Wine, то место понадобится. Но, опять же, хоть лично я за разнесение / и /home на разные разделы (так система ремонтопригоднее - можно переставить её в /, не затрагивая /home, только логин и пароль пользователя должны быть как и до переустановки), но в данном случае делить не имеет смысла - не понятно тогда, на каком из разделов быстрее закончится место.
3. Да, Ubuntu с NTFS дружит. Но частично: не умеет дефрагментировать. Если NTFS на SSD - то без разницы, там дефрагментация даже вредна, а если на HDD - то без Windows NTFS в Linux не имеет смысла.
Из вышесказанного следует: я бы предложил обе системы поставить полностью на SSD, а HDD полностью отдать под данные, при том полностью как NTFS, при условии, что в ближайшее время не планируете удалять Windows. И да, обе системы устанавливаются в UEFI режиме, EPS-раздел в FAT32 "монтируется" ("применяется") в установщике Ubuntu на этапе работы с дисками как "EFI-раздел". Линуксовый загрузчик GRUB на том же этапе устанавливаете на устройство (в данном виде на SSD), обозначаемое как sda (без номера раздела), а не на раздел.
https://help.ubuntu.ru/wiki/руководство_по_ubuntu_desktop_14_04/особенности_установки_на_платы_с_uefiПри включённом UEFI нет особой разницы, что ставить сначала, что потом, но на всякий случай можно сначала Windows, потом Ubuntu. Если наоборот, то нужно будет зайти в Ubuntu и обновить меню GRUB через Терминал:
sudo update-grub